Предлагается концептуальная модель геоинформационной системы морского судна. Модель отличается описанием иерархии компонентов, поддерживающих функциональность геоинформационной системы, их производительностью, стоимостью и занимаемой площадью. Количественное представление модели с качественными характеристиками ее функциональных модулей позволяет выполнить структурную оптимизацию геоинформационной системы принятия решения при управлении судном под цели плавания. Предлагается экспертная система, автоматизирующая приближение архитектуры геоинформационной системы к заданному набору свойств, задающих качество ее функционирования. В диалоговом режиме экспертная система формирует списочный состав функциональных модулей и оборудования, необходимого при проектировании геоинформационной системы морского судна.