Рассмотрена экспертная система поддержки принятия решений по управлению проектами на основе контроллинга, которая рассматривается как составная часть корпоративной информационной системы промышленного предприятия. Описаны программные алгоритмы, реализующие на основе объектно-ориентированного подхода процедуры обработки экспертных и объективных данных с целью поддержки решений по управлению сложными проектами в условиях неопределенности. Приведены варианты архитектурных решений при реализации экспертной системы поддержки принятия решений по управлению проектами, учитывающих особенности сформированной организационной структуры наукоемкого предприятия. Обоснованы пути интеграции рассматриваемой экспертной системы поддержки принятия решений в состав корпоративной информационной системы предприятия, выбор программно-инструментальных средств реализации указанной экспертной системы и проверки ее работоспособности, а также устойчивости используемых алгоритмов к изменениям внешних и внутренних факторов.